iPhone5のWi-FiでAppStoreが遅い病だったけど
Diablo IIIがエラーでログイン出来ない時の解決法の中に
DNSに
Google DNSのIPv6とIPv4を設定するとあり、Diablo IIIもうまくログイン出来たので
iPhone5でもWi-FiのDNS設定を
2001:4860:4860::8888,2001:4860:4860::8844,8.8.8.8,8.8.4.4
にしたところ、速度が少しましになりました。

遅かったのはフレッツのIPv6の辺りが問題なのかな?と思いました。

Google DNS servers
IPv6: 2001:4860:4860::8888 and/or 2001:4860:4860::8844
IPv4: 8.8.8.8 and/or 8.8.4.4

※この設定でもiOS6.1でまた遅くなりました。